Управління закладом освіти в межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:

1. засновник – засновником  філії "Ковтунівська гімназія з дошкільним підрозділом" є Новодмитрівська сільська рада Золотоніського району Черкаської області, Власник або уповноважений ним орган здійснює фінансування закладу, надає необхідні будівлі, інженерні комунікації, обладнання, встановлює їх статус, організовує будівництво і ремонт приміщень, їх господарське обслуговування, харчування учнів.

2. керівник закладу освіти – здійснює безпосереднє управління закладом і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу. Повноваження  та відповідальність керівника закладу освіти визначається законом та установчими документами закладу освіти.

3. постійно діючий дорадчий колегіальний орган управління закладу освіти – педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом і Статутом закладу освіти. Керівник закладу є головою педагогічної ради – постійно діючого колегіального органу управління закладом.

4. колегіальний орган громадського самоврядування – Рада школи. Вищим органом громадського самоврядування Закладу освіти є загальні збори колективу, що скликаються не менше одного разу на рік. У період між загальними зборами діє рада Закладу. Очолює  раду закладу  освіти голова, який обирається із складу ради.

5. органи самоврядування здобувачів освіти – учнівське самоврядування;

6. інші органи, передбачені спеціальними законами та/або установчими документами закладу освіти. У закладі створені і діють піклувальна рада, учнівський комітет, батьківський комітет, методичні об’єднання, комісії, асоціації, положення про які затверджено педагогічною радою та  наказом по школі .